Avec Dark Waters, Todd Haynes s'invite dans le film engagé (côté écolo), le thriller légaliste et l'enquête d'un David contre Goliath. Le film est glaçant et dévoile une fois de plus les méfaits d'une industrialisation sans régulation et sans normes.
Donato, sauveteur brésilien sur la belle plage de Praia do Futuro, assiste à la noyade de deux hommes. Malgré tous ses efforts, il ne peut en sauver qu'un seul, Konrad, un touriste allemand en vacances au Brésil. De cette rencontre tragique nait une histoire d'amour intense qui entraine le départ de Donato pour Berlin. Cette décision sera lourde de conséquence car des années plus tard, Ayton le jeune frère de Donato, en quête de réponse sur ce départ soudain, le rejoindra à Berlin... Face à l'atmosphère unique de cette ville, les trois hommes essaieront de se reconstruire après les terribles épreuves traversées par chacun, à la recherche d'un avenir meilleur.