Avant la remise du palmarès de la compétition, le Festival de Berlin a décerné une multitude de prix dans toutes ses sections. Fuocoammare de Gianfranco Rosi apparaît comme l'un des favoris pour l'Ours d'or avec un prix du public, un prix du jury écuménique et le prix Amnisty international. La critique a préféré le film de Danis Tanovic, Mort à Sarajevo.

Notons que le film de Bouli Lanners, Les premiers, les derniers a récolté deux prix distincts (prix du jury écuménique, Label Europa cinémas).

Enfin les Teddy Awards qui célébraient leur trentième anniversaire ont choisi le deuxième film de l'autrichien Händl Klaus, Tomcat (section Panorama), parabole de l'expulsion d'Adam et Eve du paradis.

Prix du jury des lecteurs du Berliner Morgenpost:
Fuocoammare de Gianfranco Rosi

Prix du public section Panorama:
- fiction: Junction 48 d'Udi Aloni
- documentaire: Who's Gonna Love Me Now? de Barak Heymann et Tomer Heymann

Prix du jury des lecteurs du Tagesspiegel (section Forum):
Nikdy nejsme sami (We Are Never Alone) de Petr Vaclav

Prix du jury FIPRESCI:
- Compétition. Mort à Sarajevo (Death in Sarajevo) de Danis Tanovic
- Panorama. Aloys de Tobias Nölle
- Forum. The Revolution Won't Be Televised de Rama Thiaw

Prix du jury écuménique:
- Compétition. Fuocoammare de Gianfranco Rosi
- Panorama. Les premiers, les derniers de Bouli Lanners
- Forum. Barakah yoqabil Barakah (Barakah Meets Barakah) de Mahmoud Sabbagh et Les Sauteurs de Abou Bakar Sidibé, Estephan Wagner et Moritz Siebert

Teddy Awards:
- Meilleur long métrage de fiction: Kater (Tomcat) de Händl Klaus
- Meilleur documentaire: Kiki de Sara Jordenö
- Meilleur court métrage: Moms On Fire de Joanna Rytel
- Prix spécial du jury: Nunca vas a estar solo (You'll Never Be Alone) de Alex Anwandter
- Special Teddy Award 2016: la productrice Christine Vachon

Prix de la Guilde des cinémas art et essai allemands:
24 Wochen (24 Weeks) de Anne Zohra Berrached

Prix des cinémas art et essai européens CICAE:
- Panorama: Grüße aus Fukushima (Fukushima, mon Amour) de Doris Dörrie
- Forum: Ilegitim (Illegitimate) d'Adrian Sitaru

Label Europa Cinemas:
Les premiers, les derniers de Bouli Lanners

Prix Caligari (section Forum):
Akher ayam el madina (In the Last Days of the City) de Tamer El Said

Prix de la paix (Peace Film Prize):
Makhdoumin (A Maid for Each) de Maher Abi Samra

Prix du meilleur film Amnesty international:
Fuocoammare de Gianfranco Rosi et Royahaye Dame Sobh de Mehrdad Oskouei

Prix Heiner Carow (documentaire allemand):
Grüße aus Fukushima (Fukushima, mon Amour) de Doris Dörrie

Prix Arte:
Le réalisateur Alvaro Brechner pour Memories from the Cell

Prix Eurimage pour le développement en coproduction:
Cinéma Defacto (France) et Proton Cinema (Hongrie) for Blind Willow, Sleeping Woman de Pierre Földes
Mentions spéciales: Tornasol Films (Espagne) pour Memories from the Cell d'Alvaro Brechner et Amrion (Estonie) pour The Little Comrade de Moonika Siimets